Zum Reinigen dürfen niemals scharfe chemische Reinigungsmittel oder gar Desinfektionsmittel verwendet werden. Es reicht, wenn der Kasten gründlich ausgefegt wird. Bei starkem Parasitenbefall kann man auch mit klarem Wasser und gegebenenfalls etwas Sodalauge ausspülen. Anschließend sollte das Kasteninnere gut austrocknen können. Schließlich muss der Nistkasten nicht unsere Hygiene-Vorstellungen der eigenen „guten Stube“ erfüllen.
Vor Überraschungen bei der Nistkastensäuberung ist man nie gefeit. Es empfiehlt sich daher, bei den zu kontrollierenden Nistkästen kurz anzuklopfen, damit der mögliche Hauseigentümer – etwa eine Haselmaus oder eine Waldmaus – gewarnt ist und seine Behausung verlassen kann. Man erspart sich dadurch so manchen unliebsamen Schrecken.
Auch der Siebenschläfer hält sich oft in Vogel-Nistkästen auf. Dabei ist das Verhältnis zu den gefiederten Hausbesitzern in der Regel unproblematisch, da der graue Schläfer die Vogelbehausungen meist erst aufsucht, wenn die Vögel ausgeflogen sind. Für die Überwinterung ab Ende Oktober nutzen die Schläfer dann aber lieber Erdhöhlen, weil sie frostsicherer als die kleinen Nistkästen sind.
Der Spätsommer ist für die Nistkastenreinigung die ideale Zeit, weil die Kästen jetzt noch weitgehend frei von Nachmietern sind. Sobald der Herbst kommt, richten sich nämlich viele Kleintiere, darunter nützliche und bedrohte Arten, für das Winterhalbjahr in Vogelnistkästen ein. Dazu zählen Ohrwürmer, Florfliegen, Wespen- und Hummelköniginnen und Säugetiere wie verschiedene Mäusearten und Fledermäuse. Zudem übernachten einige Vogelarten wie etwa Meisen in kalten Winternächten gerne in den Nistkästen.
Wer es im Spätsommer nicht mehr ganz schafft, kann seine Nistkästen auch erst zum Winterende reinigen – also unmittelbar vor der Brutzeit. Es ist dann allerdings nicht ganz einfach, den richtigen Zeitpunkt abzupassen, da einige Vögel sehr früh mit dem Brutgeschäft anfangen und gleichzeitig die Gefahr besteht, Winterschläfer über Gebühr zu stören.
